Els microorganismes tenen un paper clau en els ecosistemes terrestres i aquàtics, controlant els principals fluxos biogeoquímics. Tot i que ja fa diverses dècades que s’estudia l’ecologia microbiana, la nostra capacitat d’entendre o de predir les respostes taxonòmiques i funcionals de les comunitats microbianes als canvis en les condicions ambientals encara és molt limitada. És possible que una de les raons sigui que les comunitats microbianes contenen espècies que no estan ben adaptades a l’ambient local i no contribueixen al funcionament de la comunitat, ja que els microorganismes poden dispersar-se pertot arreu i poden romandre inactius fora dels seus hàbitats durant llargs períodes de temps. El desenvolupament de tecnologies de seqüenciació massiva d’àcids nucleics ha permès un accés millor a la diversitat microbiana i ha eixamplat l’escala dels estudis, que revelen que els microbis sovint formen part de metacomunitats en què les comunitats locals estan connectades per la dispersió de les espècies. Tot i això, disciplines com la limnologia i l’oceanografia microbianes (l’estudi dels microorganismes d’aigua dolça i marina, respectivament) sovint duen a terme estudis de manera aïllada, la qual cosa proporciona una visió fragmentada d’un món microbià que està connectat naturalment. Aquesta publicació resumeix el que hem après en els darrers anys sobre la dispersió i la connectivitat microbianes i el paper que tenen en l’estructuració i en el funcionament de les comunitats aquàtiques centrant-nos en el bacterioplàncton. Aquesta recerca ha revelat que els microbiomes terrestres, els d’aigua dolça i els marins estan íntimament connectats per raó del transport de tàxons per l’aigua, l’aire o altres processos, com ara l’enfonsament de partícules al mar. Per tant, per comprendre els factors que determinen la biogeografia microbiana i les seves conseqüències ecològiques cal anar més enllà dels límits hipotètics dels ecosistemes. Compartir coneixement i experiència entre disciplines tradicionalment independents és fonamental per avançar cap a una visió holística de l’ecologia microbiana que consideri els vincles d’espècies entre diferents ecosistemes.